目前，循环冷却水系统倾向于采用碱性有机磷系配方作为水质稳定剂，这就为菌藻的繁殖提供了营养源，细菌、真菌、藻类、原生动物等微生物利用水中的营养物质大量繁殖。以这些微生物为主体，混杂泥砂、无机物和尘土等，形成生物粘泥附着与堆积，因而产生粘泥故障，引起设备、管道的局部腐蚀、堵塞等不良问题，降低换热器的热交换效率，甚至使管道穿孔，设备损坏。因此，必须在循环冷却水中投加杀生剂，以控制微生物的生长。
虽然液氯最广泛地应用于冷却水中的微生物，但在许多特殊的情况下，二氧化氯更有优势、更有效、更经济。例如:当冷却水具有较高的pH值、含氮量和有机物含量时，二氧化氯的优势就显得尤为突出。因为二氧化氯的杀菌效果受环境pH值的影响较小，它可在较宽的pH值范围内保持稳定的杀菌作用。二氧化氯不会与氨反应生成杀菌效力低的氯胺，而且它与有机物反应性低，不易被水中的有机物消耗，不会形成氨化有机物。另外，二氧化氯的杀菌速度快，在水中的衰败期长，药效持久，且二氧化氯不与有机磷等水质稳定剂发生沉淀反应，对水质稳定剂的缓蚀阻垢作用没有影响。二氧化氯对金属设备腐蚀实验表明:70~110 mg/L的二氧化氯对不锈钢和铜基本无腐蚀，20~70mg/L的二氧化氯对碳钢基本无腐蚀，所以二氧化氯在循环水中的杀菌浓度低于80mg/L，不会对设备造成腐蚀。由此可见，二氧化氯是一种值得广泛推广的循环水杀菌除藻剂。
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